La Nouvelle-Aquitaine compte 273 sites Natura 2000, dont 12 sites marins, 24 sites mixtes (terrestres et marins), les sites restants étant exclusivement terrestres. Cela fait de la Nouvelle-Aquitaine la région métropolitaine à posséder le plus de sites Natura 2000. Ils représentent 12,7 % du territoire régional, soit 10 786 km² ; ils se composent de :
57 "Zones de Protection Spéciale" (ZPS) désignées au titre de la directive Oiseaux. Elles couvrent 5 239 km², soit 6,1 % du territoire régional.
217 "Zones Spéciales de Conservation" (ZSC) désignées au titre de la directive Habitat, Faune, Flore. Elles couvrent 6 586 km², soit 7,7 % du territoire régional.
En superficie, les ZSC terrestres représentent 56 % du réseau régional (6 586 km2) et les ZPS terrestres, 44 % (5 239 km2). Plusieurs territoires sont reconnus au titre des deux directives, notamment sur le littoral, en mer et dans les Pyrénées. Quelques sites s'étendent sur plusieurs régions et 3 d’entre eux sont gérés par des régions limitrophes.
