Le site Natura 2000 de la Vallée de l’Issoire a vu le jour au début des années 2000, à la suite de la mise en place des directives Natura 2000 en France. Le 16 novembre 2000, un Comité de Pilotage (COPIL) a été créé sous la présidence du sous-préfet de Confolens et de la DIrection Régionale de l’ENvironnement du Poitou-Charentes (DIREN-PC). Ce comité a désigné l'Association de Développement, d'Aménagement et de Services en Environnement et en Agriculture de la Charente (ADASEA) comme première structure animatrice du site.
L’ADASEA a d'abord élaboré les éléments nécessaires à la désignation du site Natura 2000. En 2001, le périmètre du site a été voté par le COPIL, suivi du DOCument d’OBjectif (DOCOB) en 2002. Cette même année, le site a été proposé comme Site d’Intérêt Communautaire (pSIC) dans le cadre de la directive « Habitat, Faune, Flore » à la Commission européenne.
Le 9 août 2006, le site de la Vallée de l'Issoire a été officiellement désigné comme Zone Spéciale de Conservation (ZSC) au titre de la directive « Habitats, Faune, Flore ».
De 2003 à 2008, l’ADASEA a mis en œuvre le plan d’action défini dans le DOCOB, ce qui a permis de réaliser diverses actions de gestion, notamment sur les landes sèches et les mégaphorbiaies. Ces actions ont été complétées par des suivis visant à affiner les connaissances sur les habitats et les espèces d’intérêt communautaire. Ce travail a d’ailleurs permis de mettre à jour le DOCOB en 2008. En 2009, l’ADASEA a cessé d'assurer l’animation du site.
De 2010 à 2016, l’animation a été reprise par la Chambre d’Agriculture de la Charente, en partenariat avec Charente Nature et la Fédération de pêche de la Charente, pour réaliser des inventaires environnementaux. En 2014, la Chambre d’Agriculture a procédé à l’actualisation du DOCOB.
En 2020, le Syndicat Mixte des bassins du Goire, de l’Issoire et de la Vienne en Charente Limousine (SIGIV) est devenu la nouvelle structure animatrice du site. Ce dernier a mis en place un programme d’action jusqu’en 2023 et a actualisé le DOCOB en 2022. Le 8 février 2024, le SIGIV a été reconduit dans son rôle de structure animatrice par les membres du COPIL et poursuit depuis un nouveau programme d’action.
